黄岩岛四周为距水面0.5米到3米之间的环形礁盘，礁盘周缘长55公里，面积150平方公里，礁盘外形呈等腰直角三角形，其内部形成一个面积为130平方公里、水深为10~20米的潟湖。黄岩岛发育在3500米深的海盆上，是深海平原上的一座巨大的海底山峰露出水面的部分。黄岩岛潟湖东南端有一个宽400米的通道与外海相连，这条水道水深9~11米，宽360~400米，中型渔船和小型舰艇可由此进入，从事渔业活动或者避风。环礁四周有星罗棋布的礁块露出，礁块表面大小一般为1—4平方米。以北、南两端的礁块最为密集，北端者称为北岩，南端者称为南岩。南岩是在礁盘上露出海面的巨大的礁石之一，形似大石柱，上部面积约3平方米，海拔1.8米。黄岩岛以东是幽深的马尼拉海沟，这是中沙群岛与菲律宾群岛的自然地理分界。在中华人民共和国行政区划里，黄岩岛隶属于海南省西沙群岛、南沙群岛、中沙群岛办事处。
